Publications
_{Structural Bioinformatics}

Kanhema, T.; Parobczak, K.; Patil, S.; Holm-Kaczmarek, D.; Hallin, E.; Ludwiczak, J.; Szczepankiewicz, A.; Pauzin, F.; Mahboob, A.; Szum, A. et al.; Ishizuka, Y.; Dunin-Horkawicz, S.; Kursula, P.; Wilczynski, G.; Magalska, A.; Bramham, C.: Arc/Arg3.1 binds the nuclear polyadenylate-binding protein RRM and regulates neuronal activity-dependent formation of nuclear speckles. Cell Reports 44 (4), 115525 (2025)

Bu, F.; Adam, Y.; Adamiak, R.; Antczak, M.; de Aquino, B.; Badepally, N.; Batey, R.; Baulin, E.; Boinski, P.; Boniecki, M. et al.; Bujnicki, J.; Carpenter, K.; Chacon, J.; Chen, S.-J.; Chiu, W.; Cordero, P.; Das, N.; Das, R.; Dawson, W.; DiMaio, F.; Ding, F.; Dock-Bregeon, A.-C.; Dokholyan, N.; Dror, R.; Dunin-Horkawicz, S.; Eismann, S.; Ennifar, E.; Esmaeeli , R.; Farsani, M.; Ferré-D'Amaré , A.; Geniesse, C.; Ghanim, G.; Guzman, H.; Hood, I.; Huang, L.; Jain, D.; Jaryani, F.; Jin, L.; Joshi, A.; Karelina, M.; Kieft, J.; Kladwang, W.; Kmiecik , S.; Koirala, D.; Kollmann, M.; Kretsch, R.; Kurciński, M.; Li, J.; Li, S.; Magnus, M.; Masquida, B.; Moafinejad, S.; Mondal, A.; Mukherjee, S.; Nguyen, T.; Nikolaev, G.; Nithin, C.; Nye, G.; Pandaranadar Jeyeram, I.; Perez, A.; Pham, P.; Piccirilli, J.; Pilla, S.; Pluta, R.; Poblete, S.; Ponce-Salvatierra, A.; Popenda, M.; Popenda, L.; Pucci, F.; Rangan, R.; Ray, A.; Ren, A.; Sarzynska, J.; Sha, C.; Stefaniak, F.; Su, Z.; Suddala, K.; Szachniuk, M.; Townshend, R.; Trachman 3rd , R.; Wang, J.; Wang, W.; Watkins, A.; Wirecki, T.; Xiao, Y.; Xiong, P.; Xiong, Y.; Yang, J.; Yesselman, J.; Zhang, J.; Zhang, Y.; Zhang, Z.; Zhou, Y.; Zok, T.; Zhang, D.; Zhang, S.; Żyła, A.; Westhof, E.; Miao, Z.: RNA-Puzzles Round V: blind predictions of 23 RNA structures. Nature Methods 22 (2), pp. 399 - 411 (2025)

Madaj, R.; Martinez-Goikoetxea, M.; Kaminski, K.; Ludwiczak, J.; Dunin-Horkawicz, S.: Applicability of AlphaFold2 in the modeling of dimeric, trimeric, and tetrameric coiled-coil domains. Protein Science 34 (1), e5244 (2025)