Publications of SR Henz

1001 Genomes Consortium; Alonso-Blanco, C.; Andrade, J.; Becker, C.; Bemm, F.; Bergelson, J.; Borgwardt, K.; Cao, J.; Chae, E.; Dezwaan, T. et al.; Ding, W.; Ecker, J.; Exposito-Alonso, M.; Farlow, A.; Fitz, J.; Gan, X.; Grimm, D.; Hancock, A.; Henz, S.; Holm, S.; Horton, M.; Jarsulic, M.; Kerstetter, R.; Korte, A.; Korte, P.; Lanz, C.; Lee, C.-R.; Meng, D.; Michael, T.; Mott, R.; Muliyati, N.; Nägele, T.; Nagler, M.; Nizhynska, V.; Nordborg, M.; Novikova, P.; Picó, F.; Platzer, A.; Rabanal, F.; Rodriguez, A.; Rowan, B.; Salomé, P.; Schmid, K.; Schmitz, R.; Seren, Ü.; Sperone, F.; Sudkamp, M.; Svardal, H.; Tanzer, M.; Todd, D.; Volchenboum, S.; Wang, C.; Wang, G.; Wang, X.; Weckwerth, W.; Weigel, D.; Zhou, X.: 1,135 Genomes Reveal the Global Pattern of Polymorphism in Arabidopsis thaliana. Cell 166, pp. 481 - 491 (2016)

Lim, E.-C.; Müller, J.; Hagmann, J.; Henz, S.; Kim, S.-T.; Weigel, D.: Trowel: a fast and accurate error correction module for Illumina sequencing reads. Bioinformatics 30 (22), pp. 3264 - 3265 (2014)

Weßling, R.; Epple, P.; Altmann, S.; He, Y.; Yang, L.; Henz, S.; McDonald, N.; Wiley, K.; Bader, K.; Glässer, C. et al.; Mukhtar, M.; Haigis, S.; Ghamsari, L.; Stephens, A.; Ecker, J.; Vidal, M.; Jones, J.; Mayer, K.; Ver Loren van Themaat, E.; Weigel, D.; Schulze-Lefert, P.; Dangl, J.; Panstruga, R.; Braun, P.: Convergent Targeting of a Common Host Protein-Network by Pathogen Effectors from Three Kingdoms of Life. Cell Host & Microbe 16 (3), pp. 364 - 375 (2014)

Sharma, E.; Künstner, A.; Fraser, B.; Zipprich, G.; Kottler, V.; Henz, S.; Weigel, D.; Dreyer, C.: Transcriptome assemblies for studying sex-biased gene expression in the guppy, Poecilia reticulata. BMC Genomics 15 (1), 400 (2014)

Slotte, T.; Hazzouri, K.; Agren, J.; Koenig, D.; Maumus, F.; Guo, Y.-L.; Steige, K.; Platts, A.; Escobar, J.; Newman, K. et al.; Wang, W.; Mandáková, T.; Vello, E.; Smith, L.; Henz, S.; Steffen, J.; Takuno, S.; Brandvain, Y.; Coop, G.; Andolfatto, P.; Hu, T.; Blanchette, M.; Clark, R.; Quesneville, H.; Nordborg, M.; Gaut, B.; Lysak, M.; Jenkins, J.; Grimwood, J.; Chapman, J.; Prochnik, S.; Shu, S.; Rokhsar, D.; Schmutz, J.; Weigel, D.; Wright, S.: The Capsella rubella genome and the genomic consequences of rapid mating system evolution. Nature Genetics 45 (7), pp. 831 - 835 (2013)

Sorge, S.; Ha, N.; Polychronidou, M.; Friedrich, J.; Bezdan, D.; Kaspar, P.; Schaefer, M.; Ossowski, S.; Henz, S.; Mundorf, J. et al.; Rätzer, J.; Papagiannouli, F.; Lohmann, I.: The cis-regulatory code of Hox function in Drosophila. The EMBO Journal 31 (15), pp. 3323 - 3333 (2012)

Grbić, M.; Van Leeuwen, T.; Clark, R.; Rombauts, S.; Rouzé, P.; Grbić, V.; Osborne, E.; Dermauw, W.; Ngoc, P.; Ortego, F. et al.; Hernández-Crespo, P.; Diaz, I.; Martinez, M.; Navajas, M.; Sucena, É.; Magalhães, S.; Nagy, L.; Pace, R.; Djuranovic, S.; Smagghe, G.; Iga, M.; Christiaens, O.; Veenstra, J.; Ewer, J.; Mancilla Villalobos, R.; Hutter, J.; Hudson, S.; Velez, M.; Yi, S.; Zeng, J.; Pires-daSilva, A.; Roch, F.; Cazaux, M.; Navarro, M.; Zhurov, V.; Acevedo, G.; Bjelica, A.; Fawcett, J.; Bonnet, E.; Martens, C.; Baele, G.; Wissler, L.; Sanchez-Rodriguez, A.; Tirry, L.; Blais, C.; Demeestere, K.; Henz, S.; Gregory, T.; Mathieu, J.; Verdon, L.; Farinelli, L.; Schmutz, J.; Lindquist, E.; Feyereisen, R.; Van de Peer, V.: The genome of Tetranychus urticae reveals herbivorous pest adaptations. Nature 479 (7374), pp. 487 - 492 (2011)

Schneeberger, K.; Ossowski, S.; Ott, F.; Klein, J.; Wang, X.; Lanz, C.; Smith, L.; Cao, J.; Fitz, J.; Warthmann, N. et al.; Henz, S.; Huson, D.; Weigel, D.: Reference-guided assembly of four diverse Arabidopsis thaliana genomes. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 108 (25), pp. 10249 - 10254 (2011)

Spencer, W.; Zeller, G.; Watson, J.; Henz, S.; Watkins, K.; McWhirter, R.; Petersen, S.; Sreedharan, V.; Widmer, C.; Jo, J. et al.; Reinke, V.; Petrella, L.; Strohme, S.; Von Stetina, S.; Katz, M.; Shaham, S.; Rätsch, G.; Miller, D.: A spatial and temporal map of C. elegans gene expression. Genome Research 21 (2), pp. 325 - 341 (2011)

Hallem, E.; Spencer, W.; McWhirter, R.; Zeller, G.; Henz, S.; Rätsch, G.; Miller, D.; Horvitz, H.; Sternberg, P.; Ringstad, N.: Receptor-type guanylate cyclase is required for carbon dioxide sensation by Caenorhabditis elegans. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 108 (1), pp. 254 - 259 (2011)

Gerstein, M.; Lu, Z.; Van Nostrand, E.; Cheng, C.; Arshinoff, B.; Liu, T.; Yip, K.; Robilotto, R.; Rechtsteiner, A.; Ikegami, K. et al.; Alves, P.; Chateigner, A.; Perry, M.; Morris, M.; Auerbach, R.; Feng, X.; Leng, J.; Vielle, A.; Niu, W.; Rhrissorrakrai, K.; Agarwal, A.; Alexander, R.; Barber, G.; Brdlik, C.; Brennan, J.; Brouillet, J.; Carr, A.; Cheung, M.-S.; Clawson, H.; Contrino, S.; Dannenberg, L.; Dernburg, A.; Desai, A.; Dick, L.; Dosé, A.; Du, J.; Egelhofer, T.; Ercan, S.; Euskirchen, G.; Ewing, B.; Feingold, E.; Gassmann, R.; Good, P.; Green, P.; Gullier, F.; Gutwein, M.; Guyer, M.; Habegger, L.; Han, T.; Henikoff, J.; Henz, S.; Hinrichs, A.; Holster, H.; Hyman, A.; Iniguez, A. L.; Janette, J.; Jensen, M.; Kato, M.; Kent, W. J.; Kephart, E.; Khivansara, V.; Khurana, E.; Kim, J. K.; Kolasinska-Zwierz, P.; Lai, E. C.; Latorre, I.; Leahey, A.; Lewis, S. E.; Lloyd, P.; Lochovsky, L.; Lowdon, R. F.; Lubling, Y.; Lyne, R.; MacCoss, M.; Mackowiak, S. D.; Mangone, M.; McKay, S.; Mecenas, D.; Merrihew, G.; Miller, D. M.; Muroyama, A.; Murray, J. I.; Ooi, S.-L.; Pham, H.; Phippen, T.; Preston, E. A.; Rajewski, N.; Rätsch, G.; Rosenbaum, H.; Rozowksy, J.; Rutherford, K.; Ruzanov, P.; Sarov, M.; Sasidharan, R.; Sboner, A.; Scheid, P.; Segal, E.; Shin, H.; Shou, C.; Slack, F. J.; Slightham, C.; Smith, R.; Spencer, W. C.; Stinson, E. O.; Taing, S.; Takasaki, T.; Vafeados, D.; Voronina, K.; Wang, G.; Washington, N. L.; Whittle, C. M.; Wu, B.; Yang, K.-K.; Zeller, G.; Zha, Z.; Zhong, M.; Zhou, X.; Ahringer, J.; Strome, S.; Gunsalus, K. C.; Micklem, G.; Liu, X. S.; Reinke, V.; Kim, S. K.; Hillier, L. W.; Henikoff, S.; Piano, F.; Snyder, M.; Stein, L.; Lieb, J. D.; Waterston, R. H.: Integrative analysis of the Caenorhabditis elegans genome by the modENCODE project. Science 330 (6012), pp. 1775 - 1787 (2010)

Laubinger, S.; Zeller, G.; Henz, S.; Buechel, S.; Sachsenberg, T.; Wang, J.-W.; Rätsch, G.; Weigel, D.: Global effects of the small RNA biogenesis machinery on the Arabidopsis thaliana transcriptome. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 107 (41), pp. 17466 - 17573 (2010)

Rehrauer, H.; Aquino, C.; Gruissem, W.; Henz, S.; Hilson, P.; Laubinger, S.; Naouar, N.; Patrignani , A.; Rombauts, S.; Shu, H. et al.; Van de Peer, Y.; Vuylsteke, M.; Weigel, D.; Zeller, G.; Hennig, L.: AGRONOMICS1: a new resource for Arabidopsis transcriptome profiling. Plant Physiology 152 (2), pp. 487 - 499 (2010)

Zeller, G.; Henz, S.; Widmer, C.; Sachsenberg, T.; Rätsch, G.; Weigel, D.; Laubinger, S.: Stress-induced changes in the Arabidopsis thaliana transcriptome analyzed using whole-genome tiling arrays. The Plant Journal 58 (6), pp. 1068 - 1082 (2009)

Laubinger, S.; Zeller, G.; Henz, S.; Sachsenberg, T.; Widmer, C.; Widmer, C.; Naouar, N.; Vuylsteke, M.; Schölkopf, B.; Rätsch, G. et al.; Weigel, D.: At-TAX: A Whole Genome Tiling Array Resource for Developmental Expression Analysis and Transcript Identification in Arabidopsis thaliana. Genome Biology 9 (7), R112 (2008)

Dreyer, C.; Hoffmann, M.; Lanz, C.; Willing, E.-M.; Riester, M.; Warthmann, N.; Sprecher, A.; Tripathi, N.; Henz, S.; Weigel, D.: ESTs and EST-linked polymorphisms for genetic mapping and phylogenetic reconstruction in the guppy, Poecilia reticulata. BMC Genomics 8, 269 (2007)

Henz, S.; Cumbie, J.; Kasschau, K.; Lohmann, J.; Carrington, J.; Weigel, D.; Schmid, M.: Distinct expression patterns of natural antisense transcripts in Arabidopsis. Plant Physiology 144 (3), pp. 1247 - 1255 (2007)

Hoffmann, M.; Tripathi, N.; Henz, S.; Lindholm, A.; Weigel, D.; Breden, F.; Dreyer, C.: Opsin gene duplication and diversification in the guppy, a model for sexual selection. Proceedings of the Royal Society of London. Series B: Biological Sciences (London) 274 (1606), pp. 33 - 42 (2007)

Hueber, S.; Bezdan, D.; Henz, S.; Blank, M.; Wu, H.; Lohmann, I.: Comparative analysis of Hox downstream genes in Drosophila. Development 134 (2), pp. 381 - 392 (2007)

Auch, A.; Henz, S.; Holland, B.; Göker, M.: Genome BLAST distance phylogenies inferred from whole plastid and whole mitochondrion genome sequences. BMC Bioinformatics 7, 350 (2006)